Los programas educativos que se llevan a cabo en los centros de la Fundación Simón I. Patiño complementan el sistema educativo boliviano, especialmente en lo que respecta a las disciplinas básicas (lectura, escritura y expresión oral) de los ciclos de educación primaria y secundaria.

La Fundación forma cada año a los docentes en metodologías que pueden aplicar en las aulas. Asimismo, los alumnos reciben tutoría para, entre otras cosas, fomentar la lectura. Con este fin, hemos creado una red de bibliotecas en las comunidades rurales del Departamento de Cochabamba y en varias escuelas de Santa Cruz. La protección del medio ambiente es un elemento central de la enseñanza impartida por la Fundación.

A nivel universitario, la Fundación concede becas de estudios universitarios en Suiza y en otros países europeos, así como en Bolivia y Costa Rica. Estas becas se asignan a estudiantes que desean obtener un título universitario en campos de especial utilidad para Bolivia. Numerosos centros de la Fundación imparten además cursos teóricos y prácticos a los estudiantes que desean completar allí sus trabajos de graduación, en áreas como salud, agronomía y biología.