La desnutrición perjudica el desarrollo físico, cognitivo y psicológico de los niños y aumenta el riesgo de mortalidad. La Fundación Simón I. Patiño se ha comprometido a luchar contra la desnutrición. Trabaja en coordinación con redes de salud interdisciplinarias y otras organizaciones para detectar y tratar a tiempo los problemas de desnutrición.

Los dos Centros de Nutrición Infantil, uno instalado en Cochabamba y el otro en El Alto, cuentan con servicios de consulta externa donde son atendidos niños menores de cinco años que sufren desnutrición de moderada a severa. Los casos más graves son hospitalizados. Con el fin de evitar posibles recaídas tras el alta y prestar apoyo social a las familias, los centros garantizan un seguimiento de los niños durante un período mínimo de dos años. Los padres reciben una formación sobre las causas de la desnutrición y la preparación de platos nutritivos con alimentos locales.

La Fundación también contribuye a mejorar la nutrición de la población infantil mediante el desarrollo de variedades de cereales y verduras con un alto contenido en proteínas, así como productos lácteos agrobiológicos de máxima calidad nutricional. Estos productos se distribuyen en el marco de un programa gubernamental de subsidio prenatal y de lactancia materna, en el que participa la Fundación.